水晶的顏色，可分為無色、乳白色、紫色、黃色、粉色、紅色、藍色、綠色、紫黃色、煙色、茶色和黑色等。其中紅色、藍色和綠色比較少見，藍色和綠色更是稀少罕見。
根據礦物的致色理論，水晶的顏色屬於他色。所謂他色，即礦物中的機械混入物，如帶色雜質、氣液包裹體等，這些外來物質與礦物本身的成分結構無關，由這種因素引起的顏色稱為礦物的他色。下面簡要介紹水晶的致色原因。
無色水晶為純淨的二氧化硅結晶體。
乳水晶的乳白色，因含細分散的氣、液包裹體而致色。
紫水晶的紫色，因成分中含有微量的Fe3+和Mn2+而致色。
黃水晶的黃色，因成分中含有微量的Fe2+和結構水H2O而致色。
薔薇水晶(芙蓉石)的粉紅色，因成分中含有微量Mn2+和Ti4+而致色。
紅水晶的紅色，因成分中含有極其細微的紅色包裹體礦物質而致色。
藍水晶的藍色，因成分中含有細微金紅石針狀晶體的丁德爾散射效應產生的。
綠水晶的綠色，因成分中含有微量的Fe而致色。或是由於含大量微細的包裹體綠泥石等礦物而致色。
雙色水晶的紫色和黃色，雙色是由於水晶內的雙晶所致色。紫色和黃色分別發育於雙晶單體中的r面和z面。
煙晶的煙色至棕褐色以至黑色，因成分中含有微量的AI3+而呈煙色;黑色是由受放射性影響而產生的游離Si引起的。
上述的水晶顏色，是指天然形成的顏色，而不包括人為的顏色。目前市場上五顏六色的「水晶製品」，有多少是天然水晶製品，很難作出準確的判斷，但可斷定多數是仿冒的所謂水晶製品，其顏色也是可想而知的。
