歷史上日本人也將水晶視為珍寶。古代日本人將水晶鑲嵌於佛像的眼珠和白毫部位，以體現佛陀的慈悲。
日本戰國時名將武田信玄將水晶製成巨大的念珠，不僅在向神明祈禱時使用，每當征戰沙場也必隨身攜帶。
日本兵庫縣西宮市廣田神社供奉著一顆出現於日本書紀時代的水晶球，據說是神宮皇后自海中獲得，因球內有一劍狀裂痕，故稱為「劍珠」。見下圖：
日本山梨縣甲府市一座祭司玉依公主的神社中，存有兩顆江湖中期製造的水晶球，稱為「水玉」和「火玉」，作為鎮社之寶。
而金愔神社則流傳玉依公主的神諭：「水晶球是除魔辟邪之珠，實現願望之珠，保國衛民、護衛天下祥和之珠，也是龍王之珠。」
